대중교통체계 개편과 관련된 일부 언론의 지적에 대해 제주도가 적극 해명에 나섰다.

먼저 버스운영원가 공개 없이 예산이 지원되고 있어 예산집행의 투명성이 결여돼 있다는 사항에 대해서는 버스 준공영제 도입에 따른 1일 1대당 표준운송원가는 전문기관 용역에서 제시한 기초단가를 기초로 운송업체 협의와 교통전문가 등으로 구성된 교통위원회 심의를 거쳐 확정했으며 관련 문서는 대국민 공개 대상으로 설정되어 있다고 설명했다.

또한 표준운송원가는 도의회의 예산심의, 행정사무감사, 도정질문, 개별 의원 자료 요구시 등 수시 공개하고 있을 뿐만아니라,  일반인의 행정정보 공개청구시에도 정보제공을 하고 있다고 덧붙였다.

이어 기존에 200억원 지원됐던 보조금이 버스 준공영제 이후 914억원으로 증액되어 개인 버스업체에 지원되고 있다는 지적에 대해서는 대중교통 체계개편에 따른 2018년 재정지원액은 약864억원으로 총 운송비용 1,344억원과 총 운송수입 480억원의 차액이며, 복권기금 130억과 도비 734억로 충당하고 있다고 밝혔다.

버스 업체에 대한 재정지원 증가는 대중교통 불편해소 및 서비스 향상을 위한 차량 증차와 운전기사 증원, 어르신 요금면제 확대 등 교통복지 증진에 의한 것으로 준공영제 시행이 직접적인 원인은 되지 않고 있으며, 도민의 세금으로 민간버스업체만 배불리는 버스준공영제라는 지적에 대해서는 운수업체 재정지원은 개편 이전에는 구간요금제 손실보상, 비수익노선, 환승할인, 명령노선, 학생할인 등의 보전을 위해 재정 지원하던 개별보조 방식을 표준운송원가에 의한 통합보조 방식으로 투명하게 지급방법을 변경한 것이라고 설명했다.

한편 시행여부에 도민사회의 관심이 집중되고 있는 대중교통우선차로제의 법체계상, 집행상 근본적 한계가 있다는 지적에 대해서는 지방재정법(제37조)상 사전타당성 조사대상 사업은 총사업비 500억원 이상인 신규 투자심사 대상사업이 해당되며, 매뉴얼에 따르면 200억원 이상의 경우 중앙투자심사를 받도록 하고 있으나 전액 자체재원인 경우는 자체심사로 갈음토록 하고 있다고 밝혔다.

마지막으로 보조금 1000억을 투입해 버스업체의 이익금 약60억원을 보전해줌으로써 법인 이익에 따른 법인세 약 10억원 이상을 매년 국세로 납부하는 상황을 연출하고 있다는 사항에 대해서는 차량 구입 등 영업에 투자된 비용에 대한 최소한의 보상이윤(표준운송원가의 3.5% 수준)으로 ‘18년 재정지원 예상액 864억원 중 버스업체의 연간이윤은 51억4천8백만원이며, 이 금액이 7개 법인에 균등하게 분할된다고 가정하면 각 법인당 7억2천1백만원 상당의 소득이 발생해 법인당 1억2천4백만원의 법인세를 납부하게 된다고 설명했다.

이는 준공영제 시행 이전 7개 민영업체의 2016년도 법인세 차감전 순이익이 63억여원임을 감안할 때 업체의 이익금은 오히려 줄어든 것으로 분석된다고 제주도는 설명했다.